Die Bauarbeiten beim Kreuzungsbahnhof Manzell sind vom Eisenbahnbundesamt genehmigt. Baustellenbetreiber ist die Deutsche Bahn AG. Die Stadt Friedrichshafen und das Landratsamt Bodenseekreis waren am Genehmigungsverfahren nicht beteiligt.
Nachdem es wiederholt zu Beschwerden wegen Lärm gekommen ist, haben sich das Landratsamt Bodenseekreis als untere Immissionsschutzbehörde, das Gewerbeaufsichtsamt Sigmaringen als technische Fachbehörde und die Verantwortlichen von der Deutschen Bahn auf lärmmindernde Maßnahmen verständigt und damit auf die Lärmsituation reagiert, die zu Beschwerden aus der Anwohnerschaft geführt hat.
Bereits seit dem 28. August 2004 wurde auf der Baustelle zur Herstellung des Kreuzungsbahnhofs Manzell der weitere nächtliche Einsatz der außergewöhnlich lärmintensiven Schlagramme vom Landratsamt Bodenseekreis untersagt.
Weitere Lärmminderungsmaßnahmen zum Schutz der Anwohnerschaft sind vorgesehen.
So wird zum Schutz vor dem Lärm, der von den nächtlichen Arbeiten mit einem Gleisbagger ausgeht, nördlich von dessen Einsatzstelle entlang des Zubringers auf die B 31 Richtung Friedrichshafen so schnell wie möglich eine mindestens drei Meter hohe Lärmschutzwand aufgebaut. Zudem soll in voraussichtlich drei Wochen auf der Reihe der vorhandenen, bereits eingerammten Spundwände nördlich der Baugrube, die parallel zum Gleis verlaufen, eine bis zur Unterkante der Straßenbrücke B 31 reichende Stahlträgerkonstruktion errichtet werden. Sobald das zweite Gleis nördlich des jetzigen Gleises verlegt ist, soll eine weitere Abschirmung erfolgen.
Auch was die Ausführung der Bauarbeiten anbetrifft, konnten in Sachen Lärmschutz Erfolge erzielt werden. Die nächtlichen Arbeiten werden sich auf die anstehenden, etwa drei Wochen andauernden Gleisbaggerarbeiten sowie auf den Einsatz einer im Vergleich zur Schlagramme deutlich weniger lärmintensiven Rüttelramme für drei Nächte ab Mitte Oktober beschränken. Sonst wird nur noch tagsüber gearbeitet. Auch hier werden beim Einsatz der Spundwände die Lockerungsbohrungen erweitert, so dass der noch bei Tag erforderliche Einsatz der lärmträchtigen Schlagramme reduziert werden kann.