Das Zielartenkonzept Baden-Württemberg gibt für den Bezugsraum Bodenseegebiet (14) drei Amphibienarten als Landesarten (Kategorie B) an: Springfrosch, Moorfrosch und Laubfrosch.

Der Springfrosch ist im äußersten Westen des Bodenseegebiets (Bodanrück, Hegau, Mindelseegebiet) sehr häufig, stellenweise häufiger als der Grasfrosch. Ob und wenn ja wie häufig er im Bodenseekreis vorkommt, ist unklar; möglicherweise breitet sich die Art seit einigen Jahren aus (SOWIG 1996). Der Moorfrosch kommt im Bodenseekreis wohl nicht vor, der Laubfrosch ist zumindest im Mittleren Bodenseekreis noch recht häufig und verbreitet.

Als Naturraumarten (mit Schutzpriorität 2) sind Kammmolch, Gelbbauchunke, Seefrosch und Kreuzkröte eingestuft.

Das Zielartenkonzept empfiehlt, "im Bodenseebecken die Landschaftsteile mit zahlreichen großen Weihern und mit lichten Laubwäldern als Grundlage der vielen Laubfrosch und Springfrosch-Vorkommen als Vorranggebiet für den Naturschutz auszuweisen" und bei diesen beiden Arten "stabile Populationen (hohe Individuendichten) zu fördern"; bei der (im Kreis bisher nicht nachgewiesenen, aber möglicherweise vorkommenden) Kreuzkröte "sollten Bestand und Flächendichte wieder ausgedehnt werden" (SOWIG 1996).

Dabei wird unterschieden zwischen "Landesarten" und "Naturraumarten":

  • Landesarten
    sind Zielarten von "herausragender Bedeutung auf Landesebene"; hierzu gehören sowohl Arten, die "in Baden-Württemberg nur durch bestandsstützende Maßnahmen erhalten werden können (Kategorie A) als auch Arten, die in den von ihnen besiedelten Naturräumen noch mehrere stabile Brutvorkommen aufweisen (Kategorie B). 
  • Naturraumarten
    sind Zielarten mit regionaler Bedeutung. Darunter fallen stark gefährdete Arten, die trotz des Rückgangs ihres Bestandes "noch zahlreiche stabile Vorkommen im Großteil der von ihnen besiedelten Bezugsräume haben" und Arten, die landes- und/oder bundesweit gefährdet sind. Berücksichtigt sind in dieser Kategorie auch Arten, die in nur wenigen Naturräumen Vorkommensschwerpunkte haben.  

Das Zielartenkonzept Baden-Württemberg definiert für insgesamt 18 Bezugsräume des Landes Arten, die vorrangig gefördert werden sollen, und geht davon aus, dass Maßnahmen, die diesen Arten zugute kommen, auch anderen schutzwürdigen Arten der entsprechenden Artengruppen dienen.