RB31: Friedrichshafen - Radolfzell - (Singen)
Auf dem westlichen Streckenabschnitt der Bodenseegürtelbahn Friedrichshafen - Radolfzell verkehrt seit 2003 stündlich die Nahverkehrslinie mit Triebwagen vom Typ LINT 54. Einige Züge fahren bis Singen und bis Friedrichshafen Hafen. Außerdem verkehrt zweistündlich der IRE Sprinter Ulm - Basel Bad Bf (Neigetechnik-Züge), der allerdings nur in Friedrichshafen Stadt, Überlingen und Radolfzell hält.
RB93/RE5: Friedrichshafen - Lindau
Die östliche Bodenseegürtelbahn zwischen Friedrichshafen - Lindau wird stündlich von der Regionalbahn 93 bedient. Außerdem verkehrt stündlich der Regionalexpress 5 (Stuttgart -) Ulm - Lindau, der nicht überall hält, sowie das tägliche InterCity-Zugpaar von Bochum nach Innsbruck und zurück.
Ab Dezember 2021 geht die Elektrifizierung der östlichen Bodenseegürtelbahn in Betrieb. Die Aufnahme des elektrischen Betriebes hat auch Auswirkungen auf bestehende Verbindungen und weitere Strecken. Beispielsweise muss der Fahrzeugeinsatz auf elektrische Traktion umgestellt werden.
Zukünftig sollen Doppelstockzüge mit drei Wagen der modernen Diesellok der Baureihe 245 zwischen Friedrichshafen, Überlingen, Radolfzell und Basel verkehren und somit auch für mehr Platzkapazität sorgen.
